リンクをそのままコピーする

Debian リファレンス サブディレクトリ全体をコピーする基本的なコマンドの中に

ハードリンクを含む場合、衒学的な方法が必要となります。
# cd /path/to/old/directory
# find . -depth -print0 | afio -p -xv -0a /mount/point/of/new/directory
リモートにコピーする。
# (cd /source/directory && tar cf - . ) | ssh user@host.dom (cd /dest/directory && tar xvfp - )

というのを応用すればできますね。
ポイントは ファイルを選択する箇所。find . -depth -print0 と tar cf- . をそれぞれ echo file1 file2 と tar cf- file1 file2 にするとfile1 file2 がコピーできます。